Članci objavljeni u časopisu Acta Geographica Croatica indeksiraju se u sljedećim sekundarnim publikacijama: Current Geographical Publications i EBSCO Academic Search Complete dok se u bazi GeoRef selektivno indeksiraju članci geoznanstvene tematike.
Članci objavljeni u razdoblju od 1992. do 1997. indeksirani su u bazi Scopus. Indeksiranje u toj bazi prestalo je zbog kašnjenja u redovnom izlaženju. Uredništvo teži povratku indeksiranja u ovoj bazi.